农村合作医疗和城镇职工社保之间存在明显的差异，这些差异主要体现在以下几个方面：
1. 参保对象：农村合作医疗主要针对的是农村户籍的居民，且必须为农业户口；而城镇职工社保则主要面向在城市工作的城镇职工。
2. 缴费义务和待遇：农村合作医疗是自愿缴纳，个人缴费和政府补贴共同构成筹资标准；而城镇职工社保则是单位和个人共同缴费，缴费金额较高，享受的待遇也更为全面。
一般来说，城镇职工社保在医疗报销比例和养老金发放等方面比农村合作医疗更为优越。
此外，职工社保中的医保缴费达到一定程度后还可以享受终身医保待遇。
3. 缴费项目和金额：农村合作医疗一般只包括医保和养老两部分；而城镇职工社保除了养老和医疗保险外，还包括生育保险、工伤保险和失业保险等五个险种。具体缴费金额会因地区和个人工资水平不同而有所差异。
一般来说，城镇职工社保的缴费金额会高于农村合作医疗。
农村合作医疗和城镇职工社保各有其特点和优势，差异主要体现在参保对象、缴费义务与待遇、缴费项目和金额等方面。个人应根据自身情况选择合适的保险类型。